El 1999, l’Alzira tornava a militar a Segona B sis anys després. Amb un pressupost de quaranta milions de pessetes (240.000 €) va aconseguir classificar-se quinzé i mantindre la categoria. En el record col·lectiu queda la remuntada a Castalia per 1-2 amb la Sapo Gol animant sense parar sota un tremend xàfec. En la Copa d’el Rei, la UD va eliminar a Reial Múrcia i li va traure un empat a 0 al Màlaga de Primera Divisió. Aquell any la UD comptava amb jugadors excelsos com el porter Aliaga, el davanter uruguaià Pablo Fortes, el lateral esquerre Víctor Pereira o el defensa central Dani Mayo i un grup de jugadors de la Ribera que s’havia mantingut des de Preferent.

La temporada següent, 00/01, la UD Alzira no va poder mantindre-se a Segona B i va descendir de nou a la Tercera Divisió. Dos anys van ser els que va romandre el club blaugrana en la quarta categoria nacional, el primer aconseguint un sisé lloc que va deixar prop de la lligueta d’ascens i el segon, desastrós, que va significar el retorn a la Regional Preferent. Durant anys va existir un projecte de conversió de club en S.A.D per intentar aconseguir l’ascens, dues dècades després, a la Segona Divisió espanyola. Després de les propostes de Sebastián Fontana, Pepe Bartolomé ho va reprendre a l’agafar la presidència en 2003 al costat de l’empresari Ángel Raga. En el seu primer any l’equip es va classificar per a la lligueta d’ascens, en la qual la UD va tindre la mala sort que van ascendir tots els equips del seu grup menys el mateix conjunt blaugrana. El segon any en Regional Preferent va ser per oblidar, ja que UD Alzira només va poder classificar-se en la sisena posició i no va jugar la promoció. Al tercer any, 05/06, i amb Ricardo Magraner d’entrenador, es va aconseguir el retorn a la Tercera Divisió en una temporada brillant plena de golejades i amb una mitjana d’espectadors elevadíssima. A l’equip blaugrana només li va separar un punt per aconseguir el títol lliguer. En la promoció, la Penya Sapo Gol va tornar a convertir-se en l’abanderada de l’afició. Amb el triomf en l’anada i la tornada contra el Vinaròs per la mínima, els de Ricardo Magraner van passar d’eliminatòria per enfrontar-se al Crevillent. Davant el 1-1 aconseguit al Municipal de Crevillent, l’eliminatòria quedava totalment oberta per la tornada al Suñer. Amb un ambient espectacular, amb més de 3.000 espectadors, i malgrat el resultat negatiu final a casa (1-3), la UD Alzira va pujar de categoria gràcies a una combinació de factors: no va baixar cap equip valencià de Segona B a Tercera i van pujar a la categoria de bronze l’Eldense i el Mestalla. Pepe Bartolomé feia realitat el seu somni de retornar l’equip a Tercera i va confiar la seua confecció al tècnic Ángel Puchades. A una setmana per començar la pretemporada, Puchades va anunciar que fitxava pel Benidorm de Segona B i es va signar Jesús Moratal. Les tres victòries en les tres primeres jornades van ser vitals per a la permanència futura, ja que la temporada va començar a regirar-se i en Nadal, Jesús Moratal va dimitir. Àngel Sáiz, procedent del Vila-real C, es va fer càrrec. L’equip va millorar defensivament però seguia sense marcar. Dos agònics gols d’Alfaro i Jorge Martínez a Elx i Oliva van donar sengles victòries vitals per a la permanència.