Pepe Bosch va rellevar Bartolomé a la presidència i amb ell van entrar un grup d’empresaris, Jorge Martínez «Aspar» i l’exjugador de l’Alzira, Ramón Lis. La directiva va confiar el projecte a Frank Castelló. Es van fitxar catorze jugadors i es va passar a entrenar a les cinc de la vesprada, amb la qual cosa el club es començava a professionalitzar. Al lògic inici vacil·lant, van seguir 21 partits seguits sense perdre. En total l’equip va ser líder trenta de les 42 jornades, incloses les que va descansar. Amb tres jornades per davant, l’Alzira es va proclamar campió de lliga a Xàtiva. En la promoció, la UD va guanyar 0-2 el Coruxo de Vigo. En el partit de tornada es va empatar a dos i es va tornar a repetir l’entrada de 3.000 espectadors. En la segona eliminatòria el rival va ser la RSD Alcalá. A l’ésser campió l’equip riberenc, va tornar a jugar primer com a visitant. Amb l’empat a zero en l’anada a la qual van acompanyar cinc autobusos d’aficionats i un Luis Suñer Picó quasi ple en la tornada -5.000 espectadors-, el deliri alzirista arribà superada la mitja hora de la segona part. Un centre de Ramon va ser rematat per Carlos Martín i ací es va acabar l’eliminatòria. L’equip es va desplaçar per primera vegada a l’Ajuntament i de la Font del Llaurador en un autobús descapotable.

Per a la nova etapa a 2a B es va confiar en l’ex del València i Barça Robert Fernández com a entrenador. L’objectiu inicial va ser la permanència. Malauradament, l’equip només va aconseguir quatre victòries en 24 jornades, al que es va sumar un alt nombre d’empats, onze. Esta situació va propiciar la destitució de Robert i el d’Albacete, Yoyo Ocaña, va ser el seu substitut. Desgraciadament, el manxec no va poder salvar l’equip del descens a Tercera. A la fi d’este curs, un grup de joves creen la Penya Gent Blaugrana. Per a la temporada 09-10, Pepe Aroca pren els comandaments de l’equip. Al març de 2010, sent líders i davant el rendiment decreixent de l’equip, la direcció esportiva pacta amb Aroca la seua renúncia com a entrenador i Fernando Maestre va ser nomenat nou tècnic. El joc i la preparació física van millorar amb el pas dels partits, tenint el seu punt culminant en els tres últims partits de la promoció d’ascens. A la primera ronda es va eliminar la SD Ejea i l’Ayamonte CF va caure en la segona. Finalment, el Jerez CF va sucumbir per 3-0 a Alzira i va patir la seua primera derrota de la temporada a l’estadi Manuel Calzado Galván, per 2-3. Només un any després es retornava a la Segona B. Davant la difícil situació econòmica, la directiva blaugrana va optar per conformar un equip jove i fitxar Jero López com a entrenador. Malgrat el bon joc, els resultats positius no arribaven i López va ser destituït. Manuel Herrero va prendre el comandament. La victòria contra l’Sporting Mahonés, el 19 de desembre, la primera del curs, va fer agafar una xicoteta ratxa victoriosa. Més endavant, el quadre alzirista va enllaçar 11 partits sense guanyar, tot i que van ser dos empats, tres derrotes seguides i sis empats. Els quatre següents partits es van guanyar, el que va propiciar l’eixida de la zona de descens directe. En l’última jornada de lliga, l’equip es va jugar la permanència contra el Benidorm. Malgrat el gran domini, el resultat va ser desfavorable (0-2) i de nou es va baixar a Tercera. A l’11-12, es va tornar a comptar amb Frank Castelló, amb una plantilla curta i jove. Malgrat això i mesos sense cobrar, l’equip va jugar la promoció d’ascens a Segona B a l’acabar quart. El CD Sariñena va eliminar a l’Alzira en la primera ronda. Els bons resultats esportius, tres promocions i dos ascensos a 2a B en cinc anys, van estar acompanyats d’uns pèssims resultats econòmics, el que va suposar la dimissió de Pepe Bosch el 28 de juny de 2012. El 12 de juliol va ser elegit president Javier Giménez Sala , que va encapçalar l’única candidatura. Per entrenar a l’equip va contractar l’exbètic Gabino Rodríguez. El 30 de juliol, Giménez va presentar la seua dimissió davant les grans necessitats econòmiques de el club per cobrir els deutes.