Després d’haver format part de diferents directives des de 2005, Juan Antonio Sanjuán va accedir a la presidència de la UD Alzira en 2016. El nou president va advocar per la continuïtat de Dani Ponz i per perllongar un projecte auster i competitiu, realitzant també una reestructuració en el futbol base. Prompte l’Alzira va mostrar les seues cartes i es va enfilar a la zona alta de la taula. Una meritòria segona plaça va ser el resultat final, el que fet i fet també va significar la tercera promoció d’ascens a 2a B en cinc anys. L’Alzira va quedar eliminat en la primera ronda amb la Penya Esportiva de Santa Eulària des Riu.

En la 17-18, va arribar a la banqueta el jugador amb més partits de la història del València CF, Fernando Gómez Colomer. Amb «el Catedrático», l’Alzira va desplegar un joc d’ensomni que va captivar els aficionats. La joventut del planter i la marxa de Cristian Herrera al Castelló van minvar la trajectòria dels blaugranes i es va acabar en la novena plaça. La nota positiva la va posar el Juvenil A, que després de realitzar un genial curs en Nacional va aconseguir l’ascens a la Divisió d’Honor. La 18-19, la tercera temporada de Sanjuán al front, va ser la més difícil a nivell esportiu. Una plantilla excessivament jove van forçar després de deu jornades la destitució de Fernando Gómez, rellevat per Pau Quesada. El de Cullera va assumir el repte de dirigir de manera simultània el Juvenil A i el primer equip. La segona volta va ser molt dura i després de la derrota a Paterna, la plantilla va patir una davallada que el va induir a només sumar de tres en un partit dels últims quinze. Contraposada va ser la trajectòria del Juvenil A, que debutava en Divisió d’Honor i que va igualar la millor classificació d’un debutant, sisé, i va batre el rècord de punts després de la primera volta. En l’últim any de la primera legislatura de Sanjuán va tornar la il·lusió. Pau Quesada repetia de nou a la banqueta. La marxa esportiva va ser regular des del principi. L’Alzira va comptar per victòries els encontres al Suñer Picó i es va mostrar solvent a domicili. Si bé, quan els de Quesada acumulaven sis partits consecutius guanyant i estaven a la segona plaça, la COVID-19 va aturar la competició. Al play off exprés valencià, l’Alzira es va enfrontar a l’Atzeneta i va caure per 1-3 a Alcoi en una segona part per oblidar. El Juvenil A va seguir a Divisió d’Honor i el Cadet i Infantil a Autonòmica. El femení es quedà a les portes de l’ascens a 1a Nacional. A més el Juvenil B va aconseguir l’ascens a Lliga Nacional. Convocades eleccions a «l’estiu del COVID-19», Sanjuán va repetir amb el propòsit de continuar afermant el seu projecte i de comandar l’Alzira del Centenari en 2022. Quesada va iniciar una nova etapa a l’Elx Il·licità i es va produir el retorn de el «pare pròdig «, Dani Ponz. L’Alzira va acabar el desgraciat 2020 com a líder del subgrup B de la 3ª Divisió.